El gran enemigo de los Sonic, Eggman Nega, vuelve a las andadas en un intento de revivir al Ifrit, una criatura de otra dimensión con un poder de destrucción muy elevado y capaz de reducir el planeta a poco más que un océano de lavas, ruinas y cenizas. Nuestros protagonistas intentarán detenerle a toda costa, ¿te animas?
Tendremos un total de 8 personajes, todos ellos agrupados por parejas, forjándose alianzas para objetivos similares: Sonic y Tails componen la pareja más famosa, poco a poco irán avanzando en su lucha por salvar el mundo. Shadow entra en contacto con Metal Sonic, quien está siendo guiado y controlado por Robotnick, y ambos intentan detener al malvado Nega.

Espio está investigando la desaparición de Chaos cuando se alía con Silver, con el fin de evitar que caiga en manos del malvado científico y lo utilice para resucitar al Ifrit. Por último, Knuckles y Rogue trabajarán juntos buscando las Esperaldas Chaos.