Ambientado en 1970, Metal Gear Solid: Portable Ops se desarrolla justo después de los acontecimientos de Metal Gear Solid 3: Snake Eater. Los jugadores se pondrán en la piel del héroe de la serie, Snake (alias Big Boss), quien alista y reúne de nuevo a la famosa unidad de élite FOXHOUND de las entregas anteriores de Metal Gear. Con el retorno de algunos de los más importantes personajes de la saga, Metal Gear Solid: Portable Ops incluye una nueva mecánica de formación de equipos que añade más jugabilidad y profundidad al juego.

Los jugadores pueden capturar y reclutar a diferentes personajes, y asignarles a diferentes equipos que realizarán diversas funciones, como ayudar a otros compañeros, recopilar datos de inteligencia, o crear nuevos objetos. También se podrán reclutar personajes únicos con habilidades especiales a lo largo del juego. Cada uno de estos personajes contará con hasta diez tipos de atributos, dando a los jugadores un amplio abanico de opciones para formar su equipo perfecto según sus gustos y las infinitas necesidades de combate que tengan en cada momento.