Ninja Gaiden 3 introducirá a los jugadores, una vez más, en una aventura junto a su héroe Hayabusa, pero esta vez conocerán detalles acerca del protagonista que jamás hubieran imaginado. Por primera vez, los jugadores contemplarán el mundo a través de los ojos de Hayabusa y averiguarán qué razones le empujan a luchar y asesinar. En el centro del conflicto esta vez se encuentra un hombre enmascarado cuyas motivaciones y objetivos no están del todo claros. Poderes misteriosos han cambiado a Hayabusa y las líneas que delimitan al héroe y al villano, el bien y el mal, quedarán difuminadas para siempre.