La historia del juego tiene lugar en Humelia, un reino de magos que tiempo ha prosperó debido a la gran cantidad de materias arcanas que yacen bajo tierra. Gracias a su desarrollo tecnológico, Humelia consiguió crear a los homúnculos, seres artificiales que asegurarían la era dorada del reino. No obstante, un humo impuro surgió del subsuelo y transformó a estos seres en bestias enloquecidas.

Lilac, que tiene el poder de salvar a los homúnculos al afinarlos, despierta en un laboratorio subterráneo del sector inferior. Allí encuentra a una homúnculo que parece guardar relación con la calamidad que ha asolado Humelia y forja un pacto con ella, tras lo que ambos emprenden una aventura en busca de recuerdos perdidos y de camaradas valiosos. Varias décadas después del infausto Diluvio Mortal, una nueva historia apocalíptica está por empezar...